1、独立性
证券公司稽核与审计的独立性，一方面指的是组织上的独立性，包括公司上下各部门间权力决策分配制衡、人员配备、绩效考核上都不受其他部门或其他部门负责人的影响，独立决定人员岗位安排，工资待遇。另一方面，独立地开展工作，独立作出判断，不受阻扰和干扰。
独立性往往受董事会、高管层的影响，与合规总监、首席风险官、审计业务委员会密切相关，存在指导和被指导情况，这正是区别外部审计，外部审计独立于公司整体，以第三方机构的角度主要对公司财务的公允性、真实性做出合理保证。
2、专业性
稽核与审计人员以有审计专业能力，知道审计的方法、审计的流程和 审计技巧为基础，这是第一性的专业能力；对被稽核或审计的项目熟悉，必须是懂业务或专业的是第二性的专业能力；有第一性的专业能力才能开展工作，有第二性的专业能力才能提出专业性的建议，发现被稽核或审计对象的缺陷和不足，为部门、业务、高管层进一步改进完善具有参考意义；目前，证券公司业务条线多，业务结构复杂，这对稽核和审计人员来说是一大挑战，因此，稽核或审计人员的第二专业性能力非常重要。市场上能够具有证券公司全面业务能力的稽核或审计人员几乎不存在，目前大部分情况是人员只熟悉某个业务或一两个业务，但不深入。
3、非公开性
证券公司稽核与审计部是内部机构，非外部聘请的机构，不需要通过委托形式，只需要根据公司需要和规章制度规定开展，其开展的时间、内容不需要向公司之外公开，同时报告内容非公开，具有保密性，一般人员无法通过正常途径获取；而一般第三方机构的审计报告是在官网公开的，稽核与审计部门发现的问题内部沟通处理完善，最终报告体现的怎样还是要管理层决定。
非公开性，决定了不像审计一样，需要对审计对象作出合理保证或有限保证，其稽核对象怎样，存在人工处理或影响的需要，只对管理层或董事会负责就可以。
4、可追责性
一方面是稽核与审计部按照公司制度授权有追责的权力，能够自己追责被稽核与审计部门；另一面，对涉及自己不能追责的情形向合规部、人力资源部、公司管理层建议追责，由他们根据公司惩处制度处理
这是区别与外部审计的关键特点；外部审计是没有这样权利，没有追责性。正是公司赋予稽核与审计部有追责权力，才会有威慑力和权威性。
证券公司稽核与审计部其本身的存在价值就是专业性和有追责的权力，有专业性才能把问题看得更远、更深、更有建设性；有追责性，才能把发现的问题得到实质的解决，才能做好第三道防线。